研究院实行理事会领导下的院长负责制，推行职务代理制度，由代理人根据授权代表被代理人履行其不在研究院期间的职权。

   理事会为研究院的决策机构，负责审定、修改研究院章程，聘免研究院院长和技术委员会委员，决定研究院建设方案、发展和战略方向，审议、批准研究院年度报告、年度财务预决算和年度工作计划，审核批准研究院事业编制的使用，审议、批准研究院对外重大合作研发项目事项，决定有关院长等高层科研和管理人员的报酬事项，监督研究经费的使用，督查立项项目的进展，审议其它与研究院发展有关的重大事项。

   技术委员会为研究院的技术咨询机构，负责对研究院的主要设备投资方案进行论证，对研究院的科研领域和课题方向及开展的研究工作进行综合评价，对面向社会征集的重点研究领域和课题方向进行评审和筛选，对项目的进展进行督查，为理事会和院长决策提供依据。

  院长由理事会聘任，为研究院法人代表，全面负责研究院的日常工作，聘免研究院副院长、实验室、财务负责人及其他科研和管理人员，提交研究院的经营和发展计划、年度工作计划、年终总结报告和年度财务预决算方案，报送重点研究领域和课题方向，执行理事会授予的其他职权。

    研究院目前下设综合办公室、财务室和研发部等。

综合办公室：主要负责规章制度的制定、情报资讯、人才引进、成果推介、资源整合等，对口省市科技、环保、教育等行政主管部门，配套建设科技人才信息平台；

财务及资产管理室：主要负责资金管理、财务核算和研究院固定资产的管理等；

研发部：主要负责技术开发、技术转让、技术服务、产品研发与应用等，面向企业，配套建设分析测试、质检评估平台；